鞭毛纲(Mastigophora)动物在其成年阶段都有一根、几根或许多根鞭毛作为其运动细胞器，由于它们营养方式及生殖方式的原始性和多样性，一般认为鞭毛虫纲是最原始的原生动物，通过它可以将动物界与植物界联系起来。鞭毛虫纲可以分为两个亚纲：植鞭毛亚纲(Phytomastigina)及动鞭毛亚纲(Zoomastigina)，前者都具有色素体，可行光合作用即进行植物性营养。淀粉及副淀粉是其主要的食物贮存物，有无性生殖和有性生殖，虫体通常具有2根鞭毛，体表为皮膜或纤维素细胞壁，自由生活。后者没有色素体，行动物性营养或腐生性营养，糖元是其食物贮存物，不行有性生殖，有一到数根鞭毛，虫体表面只有细胞膜，除少数种类自由生活外，多数种类在多细胞动物体内营共生或寄生生活。

1.以鞭毛为运动器，通常有1～4条，少数种类具有较多鞭毛

2.具有3种营养方式：植物性营养、动物性营养和渗透性营养

3.生殖方式多样：无性生殖为纵二裂；有性生殖有同配生殖、异配生殖

4.环境不良时能形成包囊

鞭毛虫类身体呈卵圆形、球形、长圆形等，通常能分出前后端，都以鞭毛作为运动器官，体表具细胞膜、或皮膜或细胞壁。例如眼虫(Euglena)，体表具有皮膜，是由一层蛋白质组成螺旋形排列的条纹，在条纹上有嵴和沟，使皮膜呈现斜纹，眼虫的皮膜很薄、富有弹性，使身体可以收缩改变形状，做眼虫式运动(euglenoid movement)。鞭毛虫缺乏明显的内质与外质的分化。眼虫身体的前端有一凹陷的沟，称储蓄泡(reservoir)或称胞咽，但它不是取食的器官，是水的贮存处及鞭毛着生部位，基体位于它的基部，由基体伸出两根鞭毛，一根很长伸向体外，一根很短不伸出储蓄泡。眼虫和其他一些植鞭毛虫类在身体的前端含有类胡萝卜素(carotinoid)的脂类球集合而成的红色眼点，这种色素球只有在基质中含有很少的氮及磷时才出现，否则将消失，它可以吸收光线。在鞭毛的基部具有副鞭毛体(paraflagellar body)，是一种光敏感结构，当一侧的光被眼点吸收后，可使它产生一个定向的光反应，所以副鞭毛体与眼点构成了某些植鞭毛虫类的感光细胞器。眼虫和许多淡水鞭毛虫有一个或多个伸缩泡。眼虫的伸缩泡位于身体前端，它是由几个小泡收集了细胞质内过多的水分愈合而成，当伸缩泡充满水分之后，排到储蓄泡中，再通过其开口排到体外。某些鞭毛虫没有储蓄泡，则伸缩泡内的水分通过体表排到体外。海洋或寄生的种类伸缩泡不发达或完全不存在。眼虫及其他植鞭毛虫类，细胞内散布有形状、数目不等的色素体，眼虫的色素体中含有叶绿素a和b，胡萝卜素(carotin)和叶黄素，使虫体也表现出绿色。有些植鞭毛虫的叶绿素被其他色素所隐蔽，而使鞭毛虫表现出黄绿色或黄褐色等，与色素体常伴随出现的是淀粉核(pyrenoid)，它对副淀粉体的形成起作用。大多数鞭毛虫具有一个大的细胞核，位于身体的近后端，少数种类具有2个核，核内有核内质(endosome)。眼虫的细胞核在分裂间期时染色质浓缩，分裂过程中不行成纺锤体，核膜不消失，这是很原始的现象。

鞭毛虫纲是以鞭毛作为运动器官，当鞭毛虫有两根或许多根鞭毛时，它们等长或不等长，如果不等长，其中一根起主导作用，另一根是附属的，例如囊杆虫(Peranema)。眼虫在运动时也是一根鞭毛起作用。许多植鞭毛虫的鞭毛可向一侧或两侧伸出许多平行排列的细丝，称茸鞭茸毛(mastigonemes)，具有两根不等长鞭毛的种类，一般主鞭毛是茸鞭茸毛，它的作用可能是逆转水的推动力。一些寄生的鞭毛虫其鞭毛不是游离的，它由基体发生之后，与身体表面的细胞质膜之间有一原生质相连，在电子显微镜下观察，是成行密集排列的丝状结构连接在鞭毛与细胞之间，鞭毛的末端，离开身体之后是游离的，例如锥虫，这样的结构有利于鞭毛虫在粘滞性很高的血液或体液中运动。鞭毛运动的机制尚不十分清楚，不同的种类其鞭毛使用的方法并不完全相同。早期的理论认为鞭毛在运动时是螺旋旋转，像推进器一样推动身体前进。现在知道鞭毛运动更多的是划动(rowing)及波动(undulating)。划动是鞭毛与附着点成直角方向在水中甩动，随之是鞭毛的恢复打动。借助于鞭毛甩动时水流的反作用力推动身体前进，并沿身体的纵轴向前旋转前进，或左右摆动前进。波动运动是鞭毛在一个平面上呈波状摆动。如果波状摆动是由鞭毛的基部向端部发生，则驱使身体向相反的方向运动，即推动身体向后运动。如果波动是由鞭毛的端部向基部进行，则推动身体向前运动，在有两个鞭毛的种类，运动的方向及路线是由主鞭毛决定的。关于鞭毛的结构与运动机制、人们普遍认为不是由于鞭毛中微管纤维的收缩，因为它们在运动中并不改变长度，而是由成双联体的两个亚纤维彼此滑动，引起鞭毛的弯曲，而亚纤维的滑动也像肌纤维的微丝滑动一样，并且也是利用三磷酸腺苷(ATP)为能源。  

鞭毛虫类除了没有化学合成营养物之外，可以行各种营养方式。植鞭毛虫类均行植物性营养，也称自养(autotrophs)；动鞭毛虫类行动物性或腐生性营养，或两者兼行；统称为异养(heterotrophs)。实际上对许多植鞭毛虫并不能严格地区分自养与异养。例如眼虫在光照条件下，它能自行合成有机物，如把眼虫放在黑暗中饲养一段时间之后，眼虫的叶绿素会逐渐消失，而改行腐生性营养，如果把眼虫再放回光照条件下，它又可重新出现叶绿素，又恢复自养。一些腰鞭毛虫类及金滴虫类可以兼行自养与异养。有一种棕鞭毛虫(Ochromonas)甚至可以兼行自养、动物性营养及腐生性营养三种营养方式。严格的异养仅出现在动鞭毛亚纲，它们或进行吞噬，或在鞭毛的基部形成胞咽取食。营养实验研究表明，鞭毛虫类比其他的原生动物的营养需求更简单。植鞭毛虫类生活的环境中只要有适当伪氮源及碳源，它就可以合成所需要的蛋白质；腐生性的鞭毛虫要求环境中有氨盐，就可以合成蛋白质；在营动物性营养的鞭毛虫则要求环境中有氨基酸及蛋白胨以合成所需要的蛋白质。其他纲原生动物则需要现成的食物(蛋白质)，其自行合成食物的生理机能已经消失。植鞭毛虫类食物的贮存形式是植物淀粉，副淀粉体、脂肪及麦清蛋白(leucosin)，动鞭毛虫类食物的贮存形式是糖元。  

鞭毛虫类的无性生殖主要是二分裂，其中多数又是纵二分裂，例如眼虫，细胞分裂由中心粒（centrioles）或基体的分裂开始，由每个中心粒产生一个新的基体及一根鞭毛，然后每一个新鞭毛与一个老鞭毛根部愈合，同时核也进行有丝分裂，但核膜不消失、不行成纺锤体，随后细胞质由前向后分裂，并复制新的细胞器，最后形成两个相似的子细胞。除了纵分裂，有些种类生殖时可以是：斜分裂或横裂，例如角藻；或多分裂，例如某些腰鞭毛虫类及锥虫等；也可以出现出芽生殖，例如夜光虫（Noctiluca），即由母体上可以长出许多小的芽体。眼虫分裂时一个子细胞保留旧鞭毛，一个子细胞再复制一个新鞭毛，但也有的种原来的鞭毛完全消失，两个子细胞均产生新的鞭毛；如果虫体有几根鞭毛，分裂前部分鞭毛已经复制，分裂时再均等的分配在两个子细胞中。在多鞭毛的种，分裂时鞭毛均等的分配在两个子细胞中，然后每个子细胞再复制一定数量的鞭毛使之恢复到应有的鞭毛数。腰鞭毛虫类体表常具有甲板(armored)，分裂时甲板或消失，或均等或不均等的分配到子细胞中。角藻常进行不完全的分裂，结果使多次分裂的子体连成一个长链。群体生活的种类如团藻(Volvox)分裂的结果在群体中形成子群体。总之，无性生殖的方式因种而不同。有性生殖主要出现在植鞭毛虫类及复杂的多鞭毛虫类。它们或是同配生殖或异配生殖，例如衣滴虫(Chlamydomonas)生殖时两个虫体彼此融合，所以虫体本身又是配子，减数分裂发生在配子融合之后，衣滴虫是同配生殖的典型例子。实球虫(Pandorina)是异配生殖，融合的两个配子仅略有大小的区别，大配子仍有鞭毛。团藻是以典型的异配生殖形成精子与卵子，其精子与卵子可能来自同一个群体(雌雄同群体)，也可能来自不同的群体(雌雄异群体)，卵直接来自群体的生殖细胞其体积增大、没有鞭毛、不会运动。精子是由生殖细胞经多次分裂形成，精子成束、具鞭毛、能游动。卵受精之后，外面可分泌厚壁形成卵囊以越冬。鞭毛虫类的包囊形成是很普遍的，特别是营动物性营养的种类、具叶绿素的种类较少发现包囊。